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有給休暇は法的な権利ですから、権利の行使を理由に査定を下げるなどの不利益な取り扱いは許されません。質問のような場合、会社側の行為は違法であると解されます。
判例上も、有給取得日を欠勤として扱って昇給において不利益に扱った場合や、同様に賞与の算出において欠勤として扱った場合には、違法であるとされたケースがあります。